El jaguar esta protegido por la NOM59-ECOL-94 (DOF 2001) en México, y la veda total se aplico a esta especie desde 1987. Internacionalmente esta prohibido cualquier tipo de comercio,  esta protegido por la CITES (Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora), la IUCN (internacional Unión for Conservation of Nature) y por la ESA (Endangered Species Act) de Estados Unidos.

En la costa de Jalisco existen todavia las condiciones para mantener una poblacion de jaguares a mediano y posiblemente a largo plazo si se detienen las amenazas actuales. Un corredor biologico que comunique desde el sur de Sinaloa hasta el Sur de Michoacan podria favorecer la permanencia a largo plazo.

Amenazas

Destruccion del habitat: 

La construccion de carreteras,  represas,  mineria,  asi como las actividades pecuarias y forestlaes sin manejo y control tienen un profundo impacto en las poblaciones de jaguar. Un ejemplo de las amenazas mas latente es la cosntuccion de las carreteras que cruzan las sierras para acomunicr con la costa. 

Caza de jaguares: 

A los jaguares se les mata por temor, por su piel, por considerarlos una maneza al ganado lo matan a la primera oportunidad.  Actualmente los ganaderos suelen juntarse y pagarle a un "tigrero" para que acabe con el supuesto "felino problema"

Captura y venta de cachorros para mascota:

Actualmente una nueva "moda" se esta haciendo mas patente, tener cachorros de grandes felinos como mascotas.

Caza de sus presas: 

Los humanos tambien consumen las mismas presas que los jaguares y si las cazamos de manera indiscriminada, dejamos a los jaguares sin alimento y se van o se alimentan de ganado. El cabocorrientes es muy comun que lleguen cazadores de Guadalajara y Vallarta y con su permiso de portacion de arma se meten en cualquier predio y le tiran a todo lo que se mueve.

Enfermedades:

La constante incursion de los animales domesticos y del hombre han llevado varias enfermedades a las especies silvestres, como el moquillo.

Aislamiento genetico:

Debido a que los jaguares no cruzan grandes areas deforestadas, en oacsiones quedan aislados (fisica y geneticamente) del resto de la poblacion y al mediano plazo, en 20 o 30 años aparecen los signos del entrecruzamiento o endogamia, como son malformaciones fisicas y baja tasa reproductiva.